超純水用于印跡的許多步驟：樣品，緩沖液，凝膠和沖洗液的制備。在進(jìn)行自身印跡之前，無論是進(jìn)行Southern印跡還是Northern印跡，樣品制備都需要特別注意用于保護(hù)原材料（分別為DNA或RNA）的水質(zhì)。

主要的樣品制備步驟是通過提取，擴(kuò)增和預(yù)處理使RNA變性以防止形成堿基配對(duì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)，從而進(jìn)行分離。

水質(zhì)參數(shù)

• 離子
  帶電分子可以通過改變?nèi)芤海ň彌_液，樣品等）的整體電荷，然后加速或延遲遷移來干擾遷移電泳步驟。
  
  在雜交步驟中離子的濃度也很重要。為了在最佳條件下進(jìn)行雜交，應(yīng)注意特定的濃度。從幾乎沒有離子的水開始（25°C時(shí)的電阻率18.2MΩ•cm）可確保在正確的離子強(qiáng)度和pH值下制備緩沖液。 

• 有機(jī)物
  有機(jī)分子會(huì)在雜交過程中產(chǎn)生干擾。那些帶負(fù)電荷的分子可以像DNA和RNA一樣起作用，并且可以代替DNA或RNA非特異性結(jié)合。帶正電的分子實(shí)際上可以與DNA或RNA和寡核苷酸結(jié)合，從而阻礙或干擾雜交過程。因此，建議使用低TOC值（<10 ppb或µg / L）以確保有機(jī)物含量方面的水質(zhì)良好。 

• 核酸
  酶核酸酶降解NA樣品。使用超濾可有效去除這些酶。在將水從系統(tǒng)中抽出并使用之前，將超濾器安裝在凈化單元的出口。請(qǐng)參閱“ 無核酸酶水”部分。 

• 細(xì)菌
  細(xì)菌釋放可降解核酸樣品的核酸酶。它們含有DNA，可能會(huì)干擾要檢查的DNA。最終，它們釋放出離子和有機(jī)物，這些離子和有機(jī)物可能會(huì)對(duì)印跡步驟產(chǎn)生負(fù)面影響。用Ultrafilter（BioPak）純化的水細(xì)菌含量<0.1 cfu / mL。 

總而言之，考慮到與印跡步驟相關(guān)的整個(gè)過程，水應(yīng)不含核酸酶和細(xì)菌，具有高電阻率和低TOC。所有這些都可以在輸送高純度水的凈水設(shè)備的使用點(diǎn)（出口）處使用超濾設(shè)備獲得。