在CE中，用水制備緩沖液，空白樣品，標(biāo)準(zhǔn)液并沖洗毛細(xì)管。為了增強(qiáng)CE系統(tǒng)的性能，重要的是使用不含污染物的水。

顆粒
用于制備緩沖液的水中存在顆?？赡軙?huì)堵塞毛細(xì)管。 

離子
為了獲得可重現(xiàn)的結(jié)果，緩沖液的離子強(qiáng)度需要在每次運(yùn)行之間保持恒定。用于制備緩沖液的水需要始終保持低離子污染。

有機(jī)物
被有機(jī)物嚴(yán)重污染的水可能導(dǎo)致電泳峰出現(xiàn)偽峰，和/或?qū)е卤尘霸黾?，這可能意味著靈敏度降低。