檢測(cè)任何目的靶蛋白都有不止一種抗體可供選擇，在同一個(gè)抗體公司，可能會(huì)有好幾種，甚**好幾十種；在不同的抗體公司，那就更多了。那怎樣在琳瑯滿目的抗體中，選擇自己實(shí)驗(yàn)需要的抗體呢？主要考慮如下幾種因素：分析自己實(shí)驗(yàn)應(yīng)用的實(shí)驗(yàn)方法是哪種？分析自己實(shí)驗(yàn)中標(biāo)本的種屬是哪種動(dòng)物或人的？分析樣本中的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)性質(zhì)，分析抗體的標(biāo)記和檢測(cè)，分析抗體的宿主來源種屬等等。
1.分析自己實(shí)驗(yàn)應(yīng)用的實(shí)驗(yàn)方法是哪種？
一般抗體說明書都列出該抗體經(jīng)試驗(yàn)驗(yàn)證過適用于何種分析類型，如：可以應(yīng)用于WB、IHC、ICC、ELISA、FCM分析等。
如果抗體說明書沒有提及的應(yīng)用類型，并不意味著該抗體不適用于此種分析應(yīng)用類型，而僅是說明尚未經(jīng)過此種分析試驗(yàn)驗(yàn)證。
如果抗體不適用某些分析試驗(yàn)，則會(huì)在抗體說明書上標(biāo)注出來不適于某分析試驗(yàn)。
2.分析自己實(shí)驗(yàn)中標(biāo)本的種屬是哪種動(dòng)物或人的？
一般抗體說明書都列出該抗體經(jīng)試驗(yàn)驗(yàn)證過適用于何種動(dòng)物或人的標(biāo)本，如：可以用于rat、mouse、human、pig、goat等動(dòng)物的標(biāo)本的實(shí)驗(yàn)。也就是說應(yīng)選擇物種相同或有交叉反應(yīng)的抗體，抗體可能與不同物種的同種靶蛋白有交叉反應(yīng)，因其氨基酸序列同源性較高。
如果樣本的種類未列入抗體說明書上的交叉反應(yīng)種屬表中，并不意味著該抗體不適用于檢測(cè)該物種的蛋白，而只是表示該物種尚未用此抗體檢測(cè)驗(yàn)證過。為了避免實(shí)驗(yàn)風(fēng)險(xiǎn)，盡量不要使用說明書中沒有提及的標(biāo)本的種屬的抗體。
或者通過序列比對(duì)的方法來預(yù)測(cè)交叉反應(yīng)，可應(yīng)用Expasy和NCBI BLAST來進(jìn)行不同物種蛋白同源性比對(duì)。如果比對(duì)結(jié)果，證明同源性比較高的，也可以選擇。
3.分析樣本中的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)性質(zhì)
了解樣本蛋白的結(jié)構(gòu)性質(zhì)有助于選擇**合適的抗體，**少兩方面因素需要考慮
待測(cè)樣本蛋白的結(jié)構(gòu)域：抗體是由各種不同免疫原免疫宿主而制備得來，其中的免疫原包括：全長(zhǎng)蛋白、蛋白片斷、多肽、全有機(jī)體（如：細(xì)菌）或細(xì)胞，抗體說明書一般都有免疫原的描述，如果打算檢測(cè)的是蛋白片斷或一種特殊的同型物或蛋白全長(zhǎng)的某一區(qū)域，則必須選擇用含此片段域的免疫原制備出的抗體。如果打算用FCM流式檢測(cè)活細(xì)胞的表面蛋白，則需要選擇含該表面蛋白的胞外域來免疫制備的抗體。
樣本的提取或處理過程：某些抗體要求樣本經(jīng)過某些特殊處理，例如：許多抗體只識(shí)別還原和變性的、表位已暴露不受二級(jí)四級(jí)結(jié)構(gòu)阻礙的蛋白樣本，另一方面，某些抗體僅識(shí)別天然折疊狀態(tài)的蛋白。當(dāng)選擇免疫組化的抗體時(shí)，應(yīng)注意某些抗體只識(shí)別未固定的冷凍的組織，而另一些抗體則適用于無需抗原修復(fù)解交聯(lián)步聚的甲醛固定石蠟包埋的組織，這些都會(huì)在抗體說明書上應(yīng)用部分標(biāo)示出來。
4.抗體宿主物種的選擇
一般說來，在使用偶聯(lián)二抗結(jié)合無偶聯(lián)物的一抗時(shí)，一抗宿主動(dòng)物的物種選擇較為重要，對(duì)于免疫組化而言，盡可能選擇與樣本不同種系物種的一抗，從而避免二抗與樣本內(nèi)源性免疫球蛋白產(chǎn)生交叉反應(yīng)，例如：檢測(cè)小鼠樣本蛋白，則不應(yīng)選擇小鼠或大鼠源的一抗，**好選兔源的一抗，則二抗則可選擇偶聯(lián)了檢測(cè)分子（酶、熒光素、生物素等）的抗兔IgG。如果選擇有偶聯(lián)物的一抗則不適用上述情況，除免疫組化外的其它對(duì)不含內(nèi)源性免疫球蛋白樣本的檢測(cè)方法，則抗體宿主物種的影響不大，如對(duì)不含IgG的細(xì)胞裂解物樣本的western blotting檢測(cè)，盡管如此，含有血清的組織裂解物和組織培養(yǎng)上清中含有免疫球蛋白，還原變性樣本中含IgG，在western blot檢測(cè)中則結(jié)合出現(xiàn)IgG分子50 and 25 kDa的重鏈和輕鏈條帶。
